In the second season, Sue is appointed acting principal after having Figgins infected with the flu but she later stands down. Sue arranges to have the cheerleading regionals competition moved to conflict with the football championship, and she forces Quinn, Brittany, and Santana to quit glee club, which has to perform the halftime show since the Cheerios will be absent; the three of them ultimately perform with the glee club, resigning from the Cheerios. Missing three of its best cheerleaders, the Cheerios lose regionals after six straight nationals win. Faking a depression after the loss, Sue joins the glee club for a week; when she can't destroy it from within, she decides to coach one of their rivals, Aural Intensity, to a regionals victory over New Directions, but New Directions emerges victorious. Sue's sister, Jean, dies later in the season, and Sue is devastated and unable to cope; when New Directions helps with funeral arrangements and performs at Jean's funeral, Sue says she's giving up her frequent attempts to destroy the glee club,[24] but she's back to her old ways in the third season when school starts in the fall. She also begins a run for a vacant Congressional seat, which she loses to Burt Hummel.[25] In the episode "On My Way", Sue tells Quinn and Will that she's pregnant.[26] She later finds out that she'll be having a baby girl, but it has birth defects. Figgins appoints swim coach Roz Washington (NeNe Leakes) Sue's co-coach for the Cheerios, but Sue makes a deal with him that if she helps New Directions win Nationals, she'll resume sole control of the Cheerios. Sue helps coach the glee club, and they win at Nationals, which puts her back in charge of cheerleading.[22] In the fourth-season episode "Shooting Star", Becky fires two gunshots, and Sue covers for her, and she is fired. She is later re-hired as principal when Becky confesses. During this time, Roz Washington is coach of the Cheerios.

Under den andra säsongen utnämns Sue till fungerande rektor efter att ha fått Figgins infekterad med influensa men hon stannar senare. Sue arrangerar att den cheerleading regionala tävlingen flyttas till konflikt med fotbollsmästerskapet, och hon tvingar Quinn, Bretagne och Santana att sluta glädjeklubben, som måste utföra halvtidsshowen eftersom Cheerios kommer att vara frånvarande; de tre uppträder slutligen med glädjeklubben och avgår från Cheerios. Saknar tre av sina bästa cheerleaders, Cheerios förlorar regionals efter sex raka medborgare vinner. Med en depression efter förlusten ansluter Sue sig till glädjeklubben i en vecka; när hon inte kan förstöra det inifrån bestämmer hon sig för att coacha en av deras rivaler, Aural Intensity, till en regional seger över New Directions, men New Directions blir segerrik. Sues syster, Jean, dör senare under säsongen, och Sue är förkrossad och oförmögen att klara; när New Directions hjälper till med begravningsarrangemang och uppträder vid Jean's begravning, säger Sue att hon ger upp sina täta försök att förstöra glädjeklubben, [24] men hon är tillbaka på sina gamla sätt under den tredje säsongen när skolan börjar på hösten. Hon börjar också en löpning för en ledig kongressplats, som hon förlorar mot Burt Hummel. [25] I avsnittet "On My Way" berättar Sue för Quinn och Will att hon är gravid. [26] Senare får hon reda på att hon kommer att få en flicka, men det har fosterskador.Figgins utser simtränare Roz Washington (NeNe Leakes) Sue's co-coach för Cheerios, men Sue gör en överenskommelse med honom att om hon hjälper New Directions att vinna medborgare, kommer hon att återuppta ensam kontroll över Cheerios. Sue hjälper till att coacha glädjeklubben, och de vinner på Nationals, vilket ger henne tillbaka ansvaret för cheerleading. [22] I fjärde säsongsavsnittet "Shooting Star" skjuter Becky två skott och Sue täcker åt henne och hon får sparken. Hon anställs senare som rektor när Becky erkänner. Under denna tid är Roz Washington tränare för Cheerios.